Академия наук должна быть обособленным от силовой ветви органом, для того чтобы наука развивалась свободно и объективно, а не под чьим-то давлением. Управлять академией наук должен избираемый коллегиальный орган — президиум.

Серьёзная проблема в науке — это организация защиты от любой субъективности, от вольных или невольных ошибок. И один из механизмов такой защиты — независимое воспроизведение исследований. Вопрос в том, как обеспечить эту независимость, чтобы, например, авторитеты из академии наук не могли лишить кого-либо возможности продолжать научный поиск за критику их работ. Пока я вижу только один способ — иметь вторую академию, финансируемую независимо от первой. Например, Академия фундаментальных наук — это отдельная структура, а Академия прикладных наук — это учреждение внутри кооперативной ветви для решения общественно важных прикладных проблем.