Боль - выше какого-то порога приносит больше вреда чем пользы.
Буйство иммунитета - иммунитет начинает так бороться что сам приносит вред организму (воспаления), бывают и ложные срабатывания (аллергии, аутоиммунные заболевания). Также повышение температуры при болезни должно быть лимитировано, иначе становится опаснее самой болезни.
Эволюционная система мотивации - наши радости примитивны - еда, секс, власть, статус и убийство врагов.
Лень - тоже логично вытекающий из эволюции механизм экономии энергии, в случае с цивилизованными существами ненужный.
Стадность/стремление быть как все - толпа людей ведёт себя совершенно неразумно (начиная от затаптывания/задавливания других людей, заканчивая государственными переворотами). Мозг считает что делать не как все это ошибка, опять же это эволюционный механизм работающий только когда среда меняется медленно.
Внушаемость - секты и т.п. показывают что человек в среднем недостаточно критически мыслит и относительно легко попадает под внешнее управление.
Мозг не заточен под абстрактное мышление: «Количество информации, которое может «переработать» мозг лыжника во время слалома, значительно больше того, которое «переработает» за такой же отрезок времени мозг блестящего математика.» С. Лем. Да ещё и уменьшается (хоть мы вырвались из под давления эволюции, всё равно меняемся, похоже деградируем как это делают паразиты).
Фобии - тоже эволюционный механизм, бояться высоты полезно для выживания, но в любом случае страх не должен быть столь сильным, да и разумное существо без этого понимает что есть опасность.
Невозможность сознательного контроля над процессами в организме. Дыхание и моргание можем перехватить, а некоторые процессы не поддаются или поддаются только йогам. Хорошо бы иметь возможность сознательно отключать например слух, чтобы сосредоточится.
Многие микроорганизмы (токсоплазмоз, кишечные бактерии) влияют на поведение и настроение человека, что ставит вопросы кто есть человек, кто кем управляет, за какие действия человек отвечает, где его свобода воли? Хорошо бы поменьше зависеть от непонятно кого.
Когнитивные искажения - плохо соображаем по быстрому даже в простых ситуациях.
Сон - очень неэффективно занимать столько времени бездельем, решение должно быть. Хотя бы как у дельфинов, а если верна висцеральная теория сна, то надо эти функции передать спинному мозгу. С акулами непонятно, если они не спят, то хорошо бы понять как.